जाफ़र एक्सप्रेस पर हमले को लेकर पाकिस्तानी विदेश मंत्रालय के प्रवक्ता शफ़ाक़त अली ख़ान ने आरोप लगाया था कि पाकिस्तान में होने वाले आतंकी हमलों में भारत का हाथ होता है. साथ ही अफ़ग़ानिस्तान स्थित कुछ ताक़तों के भी शामिल होने का आरोप लगाया था.
भारत ने इस आरोप पर पलटवार किया है. शुक्रवार को भारतीय विदेश मंत्रालय के प्रवक्ता रणधीर जायसवाल ने एक बयान जारी कर कहा, ”पाकिस्तान के बेबुनियाद आरोपों को हम सिरे से ख़ारिज करते हैं. पूरी दुनिया जानती है कि वैश्विक आतंकवाद की पनाहगाह कहाँ है. पाकिस्तान को अपने भीतर देखना चाहिए न कि दूसरों पर उंगली उठानी चाहिए और अपनी आंतरिक समस्या का ठीकरा किसी और पर फोड़ना चाहिए.”